Frè yo fè teknik alchemi entèdi transmutasyon imen an nan yon efò pou resisite li lè Trisha mouri nan move maladi a. Kòm yon rezilta, transmutasyon an backfires ak nan lalwa ak echanj egal, janm gòch la ak tout kò Alphonse a nan Edward yo pèdi tou. Edward pèdi bra dwat li pou konsève pou nanm Alphonse, obligatwa li gen yon sele san nan yon kostim nan zam. Roy Mustang envite Edward yo vin yon metòd retabli kò Alphonse a dwe fè rechèch pa yon Alchmiz Eta. Edward triyonfe, vin non an dapre branch pwostetik pòs li, Alchmiz a Fullmetal.
Twa ane sou, rechèch la Elrics pou Stone filozòf la lejand reyalize objektif yo. Marcoh voye nòt li yo dwe jwenn pa yo, sepandan yo aprann faktè esansyèl la reyèlman fè Stone la se sakrifis imen. Kanmarad la nan Mustang, Maes Hughes, pote sou rechèch yo, men se tire mouri ak yon jalouzi degize pou jwenn estrateji yo nan Homunculi la.
Wè ak Izumi, Elrics yo aprann transmutation imen te komèt pa l 'sou pitit li ki poko fèt. Vakabon homunculus Evaris kaptire Alphonse, men se sove pa prezidan Amestris 'wa Bradley, yo montre yo fonksyone kòm homunculus kòlè. Se konsa Evaris fonn desann ak reabsorbed andedan papa a kreyatè nan Homunculi la. Winry ak Elrics yo retounen nan Central City pou yo ale nan ak Hughes men aprann nan pase l 'yo. Lyetnan Maria Ross se ankadre pou omisid Hughes ', men se aparamman touye pa Mustang. Men, Edward aprann depa Ross 'te sèn se konsa li ka kontrebann pa Mustang soti nan Etazini yo Xing, ki te ede pa Xingese chèf Ling Yao. Hohenheim reyini ak pa Edward men meprize l 'pou absans long li nan rezidans.
Kòm pwogrè yo naratif, Homunculi yo rankontre pa gwo chabwak yo repete. Mustang touye lanvi; Mustang ak Ling kaptire gourman, sepandan li fini konsome jalouzi nan nil l 'yo, ak Edward, Ling-tankou vant. Goulet pran Alphonse al kontre Papa, men Ling vire dwa nan yon homunculus, espesyalman dernye avatar a nan Evaris, lè lòt moun yo sove soti nan vant la nan gouman. Elrics yo lage pou kontinye pouswit yo depi Papa a pa opoze ak yo.
Lokalize yon tinèl anba tè anba Briggs, Jeneral Olivier Armstrong jwenn Papa ak Elrics yo ki te kreye yon gwoup transmutasyon nasyonal ak gen entansyon bay sitwayen li yo se konsa li se kapab monte nan godhood. Evaris retabli trayi Papa ak memwa anvan l 'pwòp tèt li, sasosyan moute ak apre, ak Edward, serviteurs yo chimè nan Kimblee Hohenheim. Hohenheim divilge bay pitit gason l 'endividyèlman ke li pa mòtèl, tounen vin dwat nan yon wòch Filozòf k ap viv nan Papa kat san ane tounen.
Jou pwomès la rive epi Papa prepare pou kòmanse estrateji li an gen yon eklips ak sa yo ki te eseye transmutation imen kòm sakrifis li yo ki esansyèl. Gwo chabwak yo divès kalite konfli ak sèrviteur Papa a, ak tout Homunculi yo ekspire. Apre yon Mustang fòse, osi byen ke Elrics yo, Izumi, Hohenheim yo ranmase kòm kòz yo papa aktive transmutasyon nasyonal la. Men, mak ak Hohenheim aktive Amestrians yo yo dwe sove pa mezi kont. Evaris se pèdi pa Papa, byenke papa fè fas a pi wo pase tè kote gwo chabwak yo goumen l 'mete wòch filozòf l' yo.
Alphonse, ki gen zam se tout, men pèdi nan dènye konfli kont Papa, bay lespri l 'reprann bra dwat la, ki moun ki nan vire kraze wòch Papa a, voye l' tounen nan Pòtay la volatil nan verite nan Edward. Edward pèdi pouvwa li fè alchimi refè nanm ak kò Alphonse a. Hohenheim wè kavo a kote li mouri gen yon souri nan Trisha.
